Микробиолошки, водите од Охридското Езеро се класифицираат како „одлични”, освен во месец јули и декември лани, кога водата се класифицира како „незадоволителна” заради зголемен број на ентерококус. Најголем број примероци површинска вода од Охридското езеро се класифицираат во III класа заради зголемен најверојатен број на колиформни бактерии, како и во IV-V класа во месец јануари, август и септември. Ова е наведено во последниот извештај за состојбата, квалитетот и безбедноста на површинските води во Македонија, кој го објави Институтот за јавно здравје (ИЈЗ).
„Водите од Преспанското езеро се класифицираат како „одлични“ со исклучок на 2 примерокa каде водата се класифицира како „добра“ (месец март) и „незадоволителна“ (април), заради зголемен број на цревни ентерококи (Enterococcus). Водата на Дојранско езеро се класифицира како „одлична” во само 4 испитани примероци (февруари, април, октомври и ноември). Како класа „добра”, површинската вода класифицира во месец јануари заради зголемен број на Escherichia coli, а заради зголемен број на цревни ентерококи во јули и август. Како „незадоволителна” површинската вода се класифицира заради зголемен број на цревни ентерококи во месец март, мај, јуни, септември и декември“, пишува во извештајот.
